不同于以往魂系列特别隐晦的剧情，只狼的主线故事非常明晰，本文不会详细赘述，重点在于神秘的不死龙胤相关的背景故事。由于这部分内容只在经典残卷里有少数记载，难免有臆测的成分，如果有误希望大家在评论区补充。
本文是一篇全面剧透，还没有玩过游戏的玩家可以先收藏，以后再阅读。
不死起源
古时，一只受伤的樱龙从西方流落至日本苇名地区一处高山上。这里自古就是大小神明赐福之地，被唤作“仙乡”。从这里流出的水顺流直下流经苇名各处，被称为源之水，是土著祈福祭祀的对象。樱龙是神圣的不死之龙，平时外形为一颗巨大樱树，被它的神力浸染的源之水也能让万物不死。渐渐的，人们开始崇拜起樱龙，都希望能进入仙乡获得不死之身。
但是仙乡地处无路可通的高山上，并且有云雾生成的涡流环绕，一般人无法接近。唯一的进入方法是用源之水的精华产生的源之香吸引巨大的结绳妖怪将人带上去。
出于对不死的追求，生活于苇名低处坠落之谷的淤加美女战士通过收集源之香成功到达了仙乡。长期喝了这里的水，她们变成了樱龙的眷族，获得了不死之身（但可以被杀死）并学会了操控雷电的技能（樱龙的神技之一）。
这一时期，她们在仙乡下方附近建立起了规模宏伟的宫殿，称作源之宫。这里雕栏玉砌，樱花四季常开，如同仙境，曾今一度兴盛。
然而，眼前的繁荣其实是樱龙的阴谋。它滋养淤加美人是为了利用她们的战斗力去夺取更多的生命力来恢复受伤的身体。所以，不死之身并非天然永恒，要维持不死就要吸食他人的生命。于是，淤加美人开始侵入下方的苇名地区，俘获年轻的生命。在苇名战士的奋力抵抗下，她们战败了。
无法大量奴役苇名人，樱龙又生出了另一个计策：把源之水下游离源之宫最近的水生村变成生命力的“畜牧场”。它派人（雾隐贵人）去村子周围制造迷雾，隔离外界。然后编造了一个喝神水就能去源之宫变尊贵并且不死的谎言，实际是为了试探村里人是否有能力承受高浓度源之水的神力，符合资格者将被送去源之宫。
水生村传说乘着神轿就能去源之宫，其实是模仿淤加美一族古时祭祀的本土白蛇神的形式：
那些选上的“幸运儿”，实则是被圈养的生命力。其中，男性被封为贵族，最后会变成游走于宫殿内部的吸命怪，饥渴的吸食任何外来者的生命。它们的最终结局是被吸收到樱龙身体的一部分，也就是树枝一样的白木老翁。
而受选的女性则被奉为巫女，作为龙胤之子的容器，被供奉于神域下方的祭坛内，由淤加美战士守护。
符合资格的人毕竟是少数，更多的人因为无法承受神力沦落成了半人半鬼的丧尸。渐渐的，水生村也就成了一个阴曹地府一般的恐怖鬼村。
龙胤诞生
樱龙它把自身的大部分力量精华全都注入到巫女体内，诞生的子嗣被称为龙胤，也就是龙的继承者，应该是想要靠龙胤的人类身体融入到人类社会中去吸取生命。而樱龙原本的身体也就退化成了一棵枯树，只有新的生命注入才能再度逢春（游戏中一众白木老翁主动献身才勉强复活了它，但神力微弱）。
和淤加美一族不同的是，龙胤的任何伤口都可以超速愈合，并且他还有赋予他人不死的力量。但龙胤也有极限，毕竟是人类之身，体力会被逐渐消耗殆尽，最后还是会死。龙胤之力会在宿主死后自动转移到另一个人身上。
（以上的部分，资料很少，脑补的成分比较多）
不死的灾祸
大约二十年前，前代龙胤“丈”带着从仙乡的樱树上折下的一根枝丫，和自己的从者淤加美女战士“巴”漂流到了苇名城。此时正值日本战国末年，苇名战乱不断。剑圣苇名一心和医师道玄还有巨型忍者枭、只猩（佛雕师）等一行江湖好友掀起了盗国之战，最终苇名一心以剑圣的名号控制了苇名城，苇名暂时回归太平。
全盛时期的一心：
此后，丈和巴寄居苇名城。丈用仙乡的樱树枝培育出了四季常开的常樱，两人一度在此歌舞作乐，好不惬意。但是因为龙胤会消耗身边人的生命，引发出“龙咳”的不治之症。丈便想要变成常人，断绝龙胤。于是他和巴开始搜寻相关的秘法。同时，城内有不死龙胤的传说也逐渐流传了出去。各路人马都想来苇名抢夺龙胤，还有人开始了对不死的研究，在不归路上越走越远。
恐怖的不死研究
源之水不仅让源之宫的人永生不死，连水里的寄生虫也变成了不朽之物。这些虫本是靠吞噬源之宫水里的鲤鱼为生，但是随着水流逐渐被带到了苇名各处。水源附近的猴子、猿等动物部分被虫寄生，变成了不死怪。
仙峰寺的和尚对虫附体的方法十分狂热。他们背离了佛祖的教诲，终日在寺庙内研究虫的不死奥秘。寺里的僧人也都被虫寄生在体内，变成一种人虫共生体。这类不死者被称为“附虫者”，只有杀死了虫才会死去。
但最终，虫会越来越强大，人体会被吸食成一具干尸。这样的不死终会死，仙峰寺的创立者仙峰上人最后还是和一帮长老坐化在山洞内。
另一边，在苇名城的地牢里，道玄的同门道策进行着另一种实验。他选用浓度极高的源之水（也称变若水）直接给人喝下，以期他们变得不死。但是大多数人无法承受，有的痛苦死去，有的变成了像水生村村民那样的丧尸怪。只有一个人活了下来，被称为变若之子，被当作龙胤的成功复制品供奉于仙峰寺内殿中。
新一代不死
话说，丈和巴找到了回归凡人的方法，需要回到仙乡取得樱龙的眼泪和常樱之花一并服下。但是回乡之路遥遥无期，丈认为只能用一把称为不死斩的刀直接自杀才能消除龙胤。但他要找的红色不死斩被醉心不死的仙峰上人藏于仙峰寺内，无从取得。
据猜测，后来巴应该找到了另一把黑色不死斩。这把不死斩可以打开黄泉与现世的通路，用龙胤的血液和一个人作活祭品就能让逝者复活。（我推测）巴用这把刀杀死了丈，然后自刎，丈便转生成了游戏中的皇子九郎。丈和巴都没有想到的是，前代龙胤虽死，龙胤之力可以却随着转生继续传承。
此后，黑色不死斩落到了巴的徒弟苇名弦一郎的手上。弦一郎一直想利用龙胤的力量来拯救危在旦夕的苇名城，所以伙同道策的弟子道顺以及仙峰寺的人疯狂进行人体实验，甚至不惜大量绑架无辜的民众。后来，弦一郎的确用此法变成了不死。
只狼的传奇
话说在二十年前的那场大战中，枭收养了一个遗孤，授予他高超的忍术，最终把他培养成了九郎的护卫。他就是游戏的主角只狼。但枭这么做其实别有用心。他的真意是利用只狼接近龙胤来获得不死之力以称霸日本。
就在三年前，枭和内府军勾结，攻陷了九郎所在的平田宅邸。枭中途装死摆脱嫌疑。就在只狼找到九郎后，枭暗中给了只狼一剑穿心。九郎为了救只狼，赋予了他不死之力。这之后，只狼被当作敌军的同党囚于苇名城贮水区的水道中。然后，在游戏开端，只狼从昏迷中醒过来，开始了拯救皇子、寻找真相的冒险之旅。
和前代龙胤一样，九郎虽年纪轻轻却深知，龙胤之力是扭曲自然规律的产物，会带来无尽的灾祸。于是，他决定要断绝龙胤，即使献上自己的生命。在九郎的要求下，只狼历尽艰险终于收集到了断绝不死龙胤的材料：樱龙之泪、常樱之花、冰泪还有红色不死斩。
樱龙之泪可以让龙胤失去转生的能力，常樱之花可以让龙胤失去不死之身，冰泪可以让龙胤宿于前面提到的变若之子体内。根据最终选择的不同，故事会走向不同的结局。
断绝不死结局：
给九郎服下樱龙之泪，再用不死斩杀他，龙胤再无后继之人。只狼虽然尽了义务，却无法摆脱悔恨，后半生就继承了佛雕师的位置，终日在废弃寺庙中雕刻佛像。
回归凡人结局：
给九郎服下樱龙之泪和常樱之花，他就变成一个彻底的凡人。但只狼作为九郎的从者也是不死，为了断绝，就必须自尽……
龙之还乡结局：
给九郎服下樱龙之泪和冰泪，他会被变若之子吸收到体内。由于变若之子的特殊体质（相当于仙乡的巫女），九郎可以安然宿于其中。然后，只狼会护卫变若之子踏上前往樱龙故土的漫长之路。从此以后，日本再无龙胤。
几个重要NPC的背景故事
苇名一心
盗国之战后，一心成为了苇名实际上的统治者。但很可能是与龙胤相处太久，生命力逐渐失去，病弱的一心开始把自己封锁在天守阁内，不让陌生人靠近，城里的控制大权落到了孙子弦一郎手里。一心不削于使用不死龙胤这类旁门左道来守护苇名，他也知道龙胤会招来灾祸，所以他一直想把九郎送出城去。游戏开头就是他派永真去唤醒了昏迷的只狼。他还长期戴上面具扮成天狗悄悄的消灭混入苇名的敌人，暗中授予了只狼苇名流剑法。
佛雕师
佛雕师真名为只猩，永真也叫他猩猩。在盗国一战中因为杀戮太多化为修罗，幸好一心及时斩断了他的左臂，这才恢复心智。不过他的身体和内心已经产生了巨大变化，只能孤守在破败的寺庙中靠雕刻佛像排解心中的怨恨。
只狼的忍义手最初其实是道玄为佛雕师所作。
永真
就和只狼被枭收养一样，二十年前的大战中，盗国一行人还分别收养了另外两个遗孤，一个是永真，一个是弦一郎。
永真最初是被佛雕师发现，但是由于佛雕师刚从修罗状态恢复，就把她交由道玄抚养。永真精通医术，忠心辅佐苇名一心守护苇名城。游戏中的回血神器伤药葫芦正是她的杰作。
苇名弦一郎
弦一郎是一心在市井捡到的孤儿，深得一心的苇名流真传，同时还拜淤加美人巴为师，学会了操控雷电之术，从人设上看几乎是完美的英雄人物。但是弦一郎痴迷于复制龙胤的不死之力，为此做了很多惨无人道的实验，渐渐堕入魔道。结局处，他已经是一个半人半鬼的存在了。
一个关于樱花的故事
纵观整个只狼的故事，一切关键都和樱花有关：不死樱龙是一颗巨大樱树，丈从仙乡带来的信物也是樱花，只狼的复活技能消耗的是樱花，龙咳的解药是樱花状的泪滴，当只狼和九郎死去的时候，空气中飘散着樱花的花瓣……
在游戏中，樱花就是生命的象征。就如同它短暂的花期一样，生命只是一瞬，短暂而美丽，不可能永生不死。这便是只狼的核心内涵。
而这些残酷和美丽都是因为西方的龙带去了樱花。从源之宫的建筑风格，淤加美一族的着装可知，樱龙很可能是在日本平安时代或者之前不久来到苇名。这个时期的日本开始大量学习“西方”的中国唐代文化，樱花由此传入。正好对应了游戏中樱龙的传说。
所以也可以说这是一个樱花传到日本的故事。
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